Desde 2001 los Programas Institucionales de Fortalecimiento Institucional PIFI impulsados por el gobierno federal como una línea de acción por medio de la cual se canalizan recursos extraordinarios a las instituciones públicas de educación superior para que "respondan con oportunidad y niveles crecientes de calidad a las demandas del desarrollo nacional" son un reto insalvable para las instituciones que enfrentan de tiempo atrás una creciente escasez de recursos presupuestarios.
La SESIC SEP promueven que a partir de un diagnóstico institucional y con la "metodología de la planeación estratégica participativa" se elaboren una serie de proyectos enfocados a la superación académica del profesorado, actualización de contenidos, uso intensivo de tecnología y la adopción de enfoques educativos centrados en el aprendizaje.
No obstante lo acertado del planteamiento en su operación práctica los PIFIs, dado su carácter anual de asignación no subsanan problemas de fondo. Por ejemplo en el caso del profesorado es bueno obtener un apoyo extraordinario para la superación académica del profesorado, pero en la mayoría de las IES lo prioritario sería contar con una planta de estable de profesores dispuestos y con posibilidades reales de superarse académicamente ya que en su mayoría son profesores contratados por horas con paupérrimos salarios.
La incorporación a este tipo de programas de financiamiento generalmente es promovida por los cuerpos directivos de las universidades que en algunos casos caen en la imposición o en la simulación de procesos participativos de elaboración de los proyectos, así algunos casos los proyectos financiados mediante el PIFI no han emanado de las instancias académicas y se vive un ambiente de tensión y resistencia de una parte importante de docentes y estudiantes, particularmente ante la actualización o reestructuración de contenidos que no se hace con tiempos suficientes de discusión y análisis ni atendiendo a la dinámica particular de cada institución.